Ob koncu 12. stoletja je bila Krajnska ozemeljsko razdeljena med pet velikih cerkvenih posestnikov: Oglej, Solnogradec (Salzburg), Brižinj (Freising), Briksen in Krka (Gurk) ter vsaj deset vplivnih plemiških rodov (Andeški, Španhajmi, Otokarji, Ortenburžani, Vovberžani, Bogenski, Višnjegorski, Puchsi, Turjaški in Žovneški). Dokler je obstajala tako huda razdrobljenost ter močna konkurenca, je onemogočala nastanek in prevzem deželnoknežje oblasti. 

Na prelomu iz 12. v 13. stoletje se je nad ostale vplivne krajnske rodbine dvignil istrski mejni grof in krajnski »deželni grof« Henrik IV. Andeški. Ko je bil leta 1218 za oglejskega patriarha izvoljen njegov brat Bertold († 1251), je to dejstvo posledično zgladilo spore in nasprotja med Andeškimi in Oglejem. Henrik je v Istri obdržal naslov mejnega grofa, oblast pa je dejansko izvajal brat Bertold. Na Krajnskem pa je bilo obratno, saj je oglejski patriarh prepustil izvajanje oblasti svojemu bratu, sebi pa je pridržal zgolj naslov. Tako je lahko Henrik začel postopoma vzpostavljati deželnoknežjo oblast na Krajnskem. Toda že leta 1228 je umrl brez naslednikov, kar je na Krajnsko pripeljalo avstrijskega in štajerskega vojvoda Miroslava (Friderika) II. Bojevitega Babenberškega.

Leta 1229 se je Miroslav poročil z Nežo Andeško, nečakinjo Henrika IV. Ta je Babenberžanu za doto prinesla skoraj vso Andeško-višnjegorsko dediščino, in naslavljati se je začel (1232) z dominus Carniolae, gospod Krajnske. S smrtjo Miroslava (Friderika) II. leta 1246 je povezan konec Babenberžanov, v Avstriji vladajočih 270 let. Njihovo izumrtje je povzročilo boj za njihovo dediščino.

V središču tega boja sta bili Avstrija in Štajerska, na obrobju pa tudi Krajnska, kjer se je poleg oglejskega patriarha Bertolda (1218-51), brata Henrika IV. Andeškega, skušal uveljaviti predvsem Urh III. Španhajm (Ulrik III. Spanheimski) Korotanski. 

Urh III. Korotanski (Španhajm) se je leta 1248 poročil z Nežo Andeško, patriarhovo nečakinjo in vdovo Miroslava (Friderika) Babenberškega. Na ta način si je pridobil Andeško-višnjegorsko dediščino ter začel nositi naslov gospod Krajnske – dominus Carniolae. Po smrti očeta Bernarda Korotanskega leta 1256, je postal tudi vojvod Koroški. Tedaj se je že nakazovalo veliko dinastično ozemlje Korotanskih/Španhajmov od severa vojvodstva Koroške do dolenske Krke na jugu. Vendar pa je češki kralj Otokar II., ki je bil tudi avstrijski (od l. 1251) ter štajerski (od leta 1261) vojvod, s koroškim vojvodom leta 1268 sklenil dedno pogodbo, zato je na tej podlagi leta 1269, po smrti vojvoda Urha III. Korotanskega/Španhajma zasedel Koroško in Krajnsko.

Ob sklenitvi Dunajskega miru dne 25. listopada 1276 se je češki kralj Otokar II. odpovedal Avstriji, Štajerski, Koroški, Krajnski in Slovenski krajini. Rudolf I. Habsburški je razglasil za te dežele splošni mir v soglasju z državnimi knezi, stanovi, ministri in plemenitaši. Ta listina obsega določbe o povračilu škode, katero je povzročila vojna, o preosnovi starega pravnega reda, določbe o državnem in kazenskem pravu, o odpravi novih mitnic, carine itd.

Rudolf I. je postavil Majnharda Tirolskega kot glavarja Koroškega, Krajnskega in Slovenske krajine. Ker je bil Majnhardu dolžan 20.000 mark, mu je zastavil Krajnsko in Slovensko krajino, ki so si ju lastili koroški vojvodi do leta 1335.

Po bitki z Otokarjem II. na Moravskem polju je bil kralj Rudolf I. Habsburški gospodar Štajerskega, Koroškega in Krajnskega. Leta 1279 je prišel na Štajersko in v Judenburgu sprejel tudi cerkvene dostojanstvenike in plemiče iz Krajnske, ki so se mu poklonili in mu prisegli zvestobo. Zatem je uredil upravo naštetih dežel, za načelnika pa je postavil grofa Majnharda II. Goriško-Tirolskega.

Na sprejemu v Judenburgu je kralj Rudolf. I., s heneburškim grofom Ulrikom in njegovo soprogo Agnezo, hčerko Gertrude Babenberške, sklenil posebno pogodbo, s katero sta se omenjena zakonca za vsoto 16.000 mark srebra odpovedala vsem pravicam do fevdov in alodov na Avstrijskem, Štajerskem, Koroškem in Krajnskem.

Leta 1281 je Rudolf I. imenoval svojega starejšega sina Albrehta kot državnega upravitelja na Štajerskem, Krajnskem in v Slovenski krajini. Na državnem zboru v Nürnbergu je pa razglasil splošen mir, ki je veljal tudi za Krajnsko in Slovensko krajino.

Zelo pomemben je bil državni zbor v Augsburgu, kjer je Rudolf v soglasju z izbornimi knezi dne 27. grudna 1282 svojima sinovoma Albrehtu in Rudolfu podelil kot fevd Avstrijsko, Štajersko, Krajnsko in Slovensko krajino v onem obsegu, kakor sta jih imela Babenberžana Leopold VI. in Friderik II. in zraven še posestva, katera je pridobil češki kralj Otokar II. Tedanje Krajnsko s Slovensko krajino vred je obsegalo le kakih 7.700 km2. 

Krajnska je bila s Slovensko krajino zastavljena vojvodstvu Koroški za posojilo 20.000 mark srebra in je s Koroško vred pripadla grofu Majnhardu II. Vendar pa je bila v darilni listini navedena izrecna opomba, da sta Krajnsko in Slovenska krajina last Albrehta Avstrijskega in njegovih naslednikov. Po Majnhardovi smrti je vladal njegov sin Henrik (1295—1335), najprej s svojima bratoma Otonom in Ludovikom, od leta 1305 pa sam. Kot zaveznik Albrehta Avstrijskega se je s svojimi Tirolci, Korošci in Krajnci bojeval v bitki pri Groellheimu leta 1298 zoper Adolfa Nasovskega, leta 1301 in 1302 pa proti nadškofu Moguntinskemu in Kolinskemu.

S Solnograškim mirom leta 1311 sta Henrik Koroški in Friderik Avstrijski odločila odpis 14.000 mark od dolžne vsote 20.000 mark, zaradi katere sta bili zastavljeni Krajnska in Slovenska krajina. Henrik je imel deželi zastavljeni le še za 6.000 mark, vrh tega pa se je Albrehtova vdova še zavezala, da bo sama plačala 2.000 mark srebra. Zaradi sklenjenega miru se je Savinjska dolina odcepila od Slovenske krajine in je pripadla vojvodstvu Štajerskemu.

Leta 1335 je Henrik Koroški umrl brez moških potomcev, in posledično je avstrijski vojvod Albreht II. dobil Koroško, Krajnsko in Slovensko krajino.

Po smrti Henrika Koroškega sta se polastila Krajnske habsburška vojvoda Albreht II. Modri (1335 —1358) in Oton Veseli (1335—1339). Leta 1335 je Oton s svojo vojsko prišel na Koroško, kjer so se mu na Gosposvetskem polju po starem slovenskem običaju klanjali podložniki in kjer je tudi delil fevde. Potem se je podal na Krajnsko in leta 1336 obiskal svoja rodbinska (nekdanja brižinska) posestva na Dolenskem in znova potrdil prejšnjega deželnega glavarja Miroslava (Friderika) Žovneškega, ki je tudi imel več posestev na Dolenjem Štajerskem in Krajnskem.

V tem pa je češki kralj Ivan Luksemburški v zvezi z Ogri začel vojno zoper Albrehta II. in Otona ter zahteval Koroško in Krajnsko za svojega sina Ivana Henrika, ki je bil od leta 1330 oženjen z Margareto Širokoustno, hčerjo Henrika Koroškega. Avstrijska vojvoda sta pa bila zavezana z oglejskim patriarhom in goriškim grofom. V Otonovi vojski je bilo tudi mnogo Krajncev, ki so se srčno bojevali zoper kralja Ivana. Vojna pa ni dolgo trajala in že leta 1336 je bil sklenjen mir v Ennsu na Gorenjem Avstrijskem. S tem mirom se je češki kralj odpovedal vsem pravicam do Koroške in Kranjske s Slovensko krajino.

Tako se je končal prepir zaradi dediščine Henrika Koroškega ugodno za habsburška vojvoda, in Krajnska je bila stalno združena z Avstrijo. 

Za vojvodoma Otonom Veselim in Albrehtom II. je na Krajnskem zavladal Rudolf IV. Ustanovitelj (1358-1365), ki je Krajnsko tudi povzdignil v vojvodstvo leta 1364. Veliko je storil za Lublano in Krajnsko v celoti, in zato mu je zagotovljeno častno mesto v deželni zgodovini. Leta 1360 je sklical prvi veliki knežji shod v Lublani in tudi ustanovil Rudolfovo (Novo mesto). Istega leta je sprejel krajnsko odposlanstvo v Gradcu, ter potrdil pravice in svoboščine dežele Krajnske in mesta Lublana. Zaradi Postojne in Vipave je Rudolf IV. začel vojno z oglejskim patriarhom. Avstrijska vojska okrog 4.000 mož, je krenila skozi Krajnsko na Goriško in v Furlaniji premagala patriarha. Ta je leta 1362 z avstrijskim vojvodom sklenil dunajski mir ter mu odstopil notranski Loški grad, krajnsko in šentpetersko župnijo v Lublani ter vse oglejske fevde na Krajnskem in v Slovenski krajini.